Включенного функционала по обходу содержимого ftp сервера нет, но есть ссылка на блог :)
http://blogs.msdn.com/opal/archive/2008/04/10/index-ftp-content-with-sharepoint-2007-search-server-2008.aspx
P.S. Если FTP сервер никсовый - папки и файлы необходимо называть только маленькими буквами, иначе обходчик не найдет их (он то все шпарит маленькими) :)