Можно ли говорить «в Атырауе», «в Темиртауе», «в Кокшетауе»?

На первый взгляд, это несклоняемые географические названия, которые заканчиваются на -у.

Что есть -у? Атырау, Темиртау, Кокшетау — слова казахского языка. А это значит, что -у в данном случае не гласный звук, а согласный [w]. Тот самый [w], который есть в английских словах window, word.

Слова, заканчивающиеся на согласный, в том числе географические названия, в русском языке без проблем склоняются, например: в Саратове, в Пскове, в Вашингтоне.

Хоть для фонетики классического русского языка и не существует согласного звука [w], то почему бы ему не быть в казахстанской версии русского языка, которая испытывает некоторое влияние казахского?

Следовательно, слова Атырау, Темиртау, Кокшетау вполне могут склоняться, в том числе и в форме в Атырауе, в Темиртауе и в Кокшетауе.