Родился в Тургайской области (ныне - Костанайской). Учился в казахско-русской школе, основанной И. Алтынсариным, на курсах по подготовке учителей начальной школы в Костанае. Преподавал русский язык и литературу казахским детям. В педагогической деятельности следовал методам преподавания И. Алтынсарина. Первая книга вышла в 1910 году в Казани и называлась «Үлгілі тәржіме».
Спандияр Кубеев составил учебник для чтения казахских школ «Примерное дитя» по принципу хрестоматии К. Ушинского «Родное слово». В книгу вошли переведенные им басни И. Крылова, легенды, стихи русских писателей педагогов, образцы казахского фольклора, короткие рассказы о природных явлениях и животном мире.
Автор первого казахского романа «Выкуп» (1913), в котором Спандияр Кубеев подверг критике патриархальный быт, угнетение аульной бедноты, бесправное положение женщины. Мемуары «Сбывшиеся мечты» (1951) носящие автобиографический характер, рисуют жизнь дореволюционного аула и коренные преобразования в казахской степи за годы Советской власти.
Принимал активное участие в строительстве советской школы в Казахстане, написал много статей по вопросам воспитания и образования подрастающего поколения. Педагогические взгляды отразились в научных статьях «Оқытушының беделді болуының маңызы», «Балаларды мәдениеттілікке тәрбиелеу», «Балаларды оқуға ынталандыру туралы» и других произведениях.