До сих пор остается загадкой, почему нет сравнительного анализа этих двух информационных систем. На многочисленных форумах были попытки начать это сравнение, но как говорится каждый кулик свое болото хвалит... т.к. трудно одинаково хорошо разбираться как в 1С так и Microsoft Dynamics NAV.
С другой стороны, зачем вдаваться в технические дебри, если у Вас бухгалтерия "прекрасно" ведет учет в 1С, то остальные бизнес-процессы без проблем можно автоматизировать посредством NAV, причем обе системы можно интегрировать.
Часто вижу, что в одной (обычно средней или крупной) компании может сосуществовать до 3-4 разных информационных систем. Как говорится, если это работает, то лучше ничего не трогать...