Столкнулся с багом при работе виртуальной машины Windows Server 2003 в Hyper-V. Если в ВМ стоит более 1 виртуального процессора, то возникают проблемы с таймером CPU. Выражается это в большом пинге, неправильной работе счетчиков (огромные цифры в очереди записи на диск).
Решение - установить в boot.ini параметр /USEPMTIMER
P.S. на всякий случай оставил 1 процессор, потом включу 2-й и посмотрю что и как.