Занятное поведение центра сертификации. При установке Exchange 2010 он становил все, что касается OWA в Default Web Site. А у меня там же веб-страницы центра выдачи сертификатов. При переносе каталогов CertEnroll и CertSrv зайти в них невозможно - 500 ошибка. Ковыряние в недрах логов привело к ошибке в файлах default.asp и прочих asp файлах - а именно путь к файлу certdat.inc. Данный файл есть, но в каталоге уровнем выше, а в файле он прописан как ..\\certdat.inc.
Думаю, что это конечно unsupported путь и делать там в production среде не стоит. Но вполне такой себе workaround по фен-шую :)
После того, как файл был перенесен в каталог Certsrv все заработало.