Как известно из первой части фильма "Аватар" для борьбы с людьми объединились 15 кланов На'ви, а после победы Джейк, навсегда оставил своё человеческое тело и "пересилился" в аватар.
Во второй части сиквела Джейк женится на Нейтири, после чего, из-за смертельной болезни отца Нейтири - вождя клана, его с небольшим перевесом голосов избирают новым вождем клана Оматикайя.
Недовольные проведенными выборами члены клана Нейтири, один из которых был убит самообороняющимся Джейком, объединили 8 кланов, вожди которых также не желали, чтобы на их планете руководил человек.
И началась межклановая война.
Раздробленный клан Оматикайя нёс серьезные потери. Симпатизировавшие Джейку кланы, постепенно отворачивались от него. Джейк и беременная Нейтири вынуждены оставить клан и пуститься в бега.
К этому времени, земляне узнав о межклановой войне, выслали на Пандору "миротворческую армию", задачей которой было остановить кровопролитие. В действительности, они преследовали другие планы. Быстро уничтожив самый сильный клан, они возобновили добычу ценного минерала анобтаниума.
Джейк пытается встретиться с людьми, но его арестовывают за предательство и сажают в камеру одиночного заключения. Его жена в это время прячется в джунглях на последнем месяце беременности.
В тюрьме Джейка расспрашивает о Нави молодая женщина, психолог по межвидовым отношениям, которая влюбляется в него и помогает сбежать из заточения. Перед ним становится выбор или переселиться в тело нового человека или вернуться к Нейтири. Он выбирает последнее.
Избавившись от преследовавших его группы военных людей, он находит Нейтири, родившей к тому времени сына.